Estos son los registros de libros publicados por Juan Carlos Peña Márquez.
| ISBN | Título | Editorial | Autor(es) | Año |
|---|---|---|---|---|
| 978-958-9477-43-4 | Casanare, Llano y Petróleo | Corpes Orinoquia | Juan Carlos Peña Márquez | 2000 |
| 978-958-719-829-4 | Mitú: ciudad amazónica, territorialidad indígena | Universidad Nacional de Colombia | Juan Carlos Peña Márquez | 2011 |
| 978-958-775-004-1 | Plan estratégico departamental de ciencia, tecnología e innovación -PEDCTI- Departamento del Vaupés | Universidad Nacional de Colombia | Carlos Zárate Botia Juan Carlos Peña Márquez | 2014 |
| 978-958-775-005-8 | Plan estratégico departamental de ciencia, tecnología e innovación -PEDCTI- Departamento del Vaupés | Universidad Nacional de Colombia | Carlos Zárate Botia Juan Carlos Peña Márquez | 2014 |