Estos son los registros de libros publicados por Juan Manuel Aguilar.
| ISBN | Título | Editorial | Autor(es) | Año |
|---|---|---|---|---|
| 978-99926-17-01-4 | Guía Histórico Arquitectónica de la Fortaleza de San Fernando de Omoa | Instituto Hondureño de Antropología e Historia | Instituto Hondureño de Antropología e Historia Juan Manuel Aguilar Sergio Antonio Palacios | 1999 |
| 978-99926-17-03-8 | La ciudad de Trujillo: Guia Historico Turistica | Instituto Hondureño de Antropología e Historia | Juan Manuel Aguilar Padilla Ayestas Ezequial | 2003 |
| 978-99926-46-71-7 | Comercio de pieles y cuero en Honduras | Juan Manuel Aguilar Flores | Juan Manuel Aguilar | 2009 |
| 978-99926-55-12-2 | Iglesias coloniales de Tegucigalpa | Juan Manuel Aguilar Flores | Juan Manuel Aguilar | 2010 |
| 978-99926-96-66-8 | Mineral de Santa Lucia (1580-1890) | Juan Manuel Aguilar Flores | Juan Manuel Aguilar | 2013 |
| 978-99926-49-89-3 | Entierros y exhumaciones en Honduras (1598-1933) | Juan Manuel Aguilar Flores | Juan Manuel Aguilar | 2015 |